三维全脑成像数据的标注和可视化 – 深圳百会新知科技有限公司

Lychnis-viewer 是一款专为大规模三维/四维图像数据设计的免费软件，主要用于神经元追踪等生物图像的标注和可视化。它支持多分辨率数据显示，能够高效处理 TB 级别的 Imaris IMS 文件，并提供了一套完整的工具集来帮助研究人员进行精确的结构分析和重建。

此软件为VISoR-Suite (Shenzhen Bineogen Technology Co., Ltd.) 软件包的免费版本，用于3D/4D图像标注和可视化。

支持的数据格式： Imaris IMS
项目文件： 基于 JSON 的 .lyp 文件（默认）和二进制 .lyp2 文件。

运行Lychnis软件需要：

图像导入：
您可以将 Imaris IMS 格式的数据文件拖动到软件图标或主界面，或者通过“文件” -> “打开图像文件”菜单加载图像。

项目文件保存：
使用快捷键 “Ctrl+S” 或通过“文件” -> “保存项目”菜单保存项目。项目文件为 lyp 格式（基于 JSON）或 lyp2 格式（经过优化的二进制格式）。

项目文件加载：
您可以将 lyp 或 lyp2 格式的项目文件拖动到软件图标或主界面，或通过“文件” -> “加载项目”菜单加载项目文件。

分辨率滑动条：
分辨率滑动条控制当前数据的显示级别。将其调整到左侧会减少级别数，减小体素宽度，并缩小数据视图。将其调整到右侧会扩大视野，但可能导致显示模糊。关于当前数据所有级别的信息可以在菜单中找到：“文件” -> “显示图像信息”，包括每个级别的像素数量和缩放比例。

通道滑动条：
通道滑动条管理各种成像通道数据的显示参数，包括显示范围、颜色（支持 LUT）和可见性设置。在右侧是切换通道控制页面的按钮。左键单击以切换通道，右键单击以控制它们的可见性。
该软件当前支持来自 ImageJ/Fiji 和 Imaris Viewer 的 LUT（查找表）文件。

默认情况下，右侧显示标注页面（也有一个视频制作页面，可以通过右上角的按钮切换），包括标注设置、区域设置、选定节点的信息和带有消息的节点列表。

标注设置

通道： 指定当前标注的目标通道。
标注类型： 包括线、点和移动选定节点。区别在于连续标注时新节点的添加方式，是连接到上一个点，独立存在，还是移动先前选择的点。
切片厚度： 切片的厚度，通常保持为 0，并与特定的成像设备相关。
用户名： 标注者的用户名，记录在每个节点中，用于区分由不同用户标注的节点。每个标注节点还会记录计算机的用户名和计算机名称（经过哈希处理，用于区分不同的计算机）。

区域设置

节点信息

软件右下角是所有带有消息的节点列表：节点带上信息之后都会出现在此列表，可以通过右上角的筛选按钮进行过滤。

显示控制

标注

菜单

文件
- 导入节点：导入软件项目文件或 SWC 格式的节点文件。
- 导出节点到文件：导出节点文件，支持 SWC 格式。
- 导出体积：导出图像（基于当前显示级别和通道）。
编辑
- 构建节点组：根据连通性生成节点组。
- 移动到待处理节点：在 Lychnis 中，标记为“无法继续追踪节点”或“末梢”的节点视为端点。点击该按钮可以切换到未完成的标注点，包括未完成的终端点和标记为“#Branch node”但没有分支的中间节点，帮助完成神经元标注。
视图
- 显示设置：各种显示控制选项，如比例尺的位置和大小。
- 显示/隐藏切片：显示或隐藏切片视图，也可以通过 Ctrl+双击左键切换。

快捷键列表